Cùng với sự phân chia hệ phái của Phật giáo và với cách tiếp cận, nhìn nhận khác nhau về giáo lý Phật giáo, với tinh thần khế lý – khế cơ, từ hai phái lớn của Phật giáo lại được phân thành nhiều tông phái khác nhau. Có thể nói, sự hình thành các tông phái không phải là sự phân liệt, tranh chấp trong Phật giáo về quyền lợi, địa vị của Tăng chúng, cũng không phải là sự phủ định lẫn nhau mà đây chính là sự phát triển làm cho Phật giáo trở nên vững chắc.
Trước đây, Phật giáo có nhiều tông phái, sau này phần nhiều các tông phái có cùng khuynh hướng sát nhập lại với nhau, còn lại 10 tông phái:
1. Câu Xá tông
2. Thành Thật tông
3. Tam Luận tông
4. Pháp Tướng tông
5. Thiên Thai tông
6. Hoa Nghiêm tông
7. Luật tông
8. Thiền tông
9. Tịnh độ tông
10. Mật tông
Chín tông phái (từ 1 đến 9) thuộc loại bộ Hiển giáo. Trong Hiển giáo lại được chia ra Nam tông (1,2) và Bắc tông (từ 3 đến 9). Hiển giáo là thứ giáo lý có thể dùng ngôn ngữ để phát biểu, diễn đạt được. Hiển giáo là do Báo thân và Ứng thân Phật thuyết pháp.
Đối với Mật tông thuộc loại bộ Mật giáo, là thứ giáo lý không thể dùng ngôn ngữ diễn đạt. Mật giáo là do Pháp thân Phật thuyết pháp, do đó giáo phái này còn được gọi là Chân Ngôn hay Chân Ngôn tông.